Dla ubuntu (ja używałem ubuntu 12.04), domyślną konfigurację apache phpmyadmina można znaleźć w /etc/phpmyadmin/apache.conf
Możesz go otworzyć, wpisując sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf
i zmień trzeci
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
Nie zapomnij ponownie uruchomić usługi Apache,
sudo service apache2 restart