Zakładając, że mówisz o różnicach w narzędziach klienta, a nie o silniku bazy danych, jedyne różnice, które do tej pory znalazłem, to brak raportów i profilera. W pełnej wersji na drzewie obiektów można kliknąć prawym przyciskiem myszy i wybrać z zestawu standardowych raportów. W wersji Express brakuje tej opcji menu. Wersja Express nie instaluje profilera.