Porównaj opcje SET dla SSMS i sesji LINQ:
SELECT * FROM sys.dm_exec_sessions
WHERE session_id in (@@SPID, @LINQSESS)
(zastąp @LINQSESS swoim identyfikatorem sesji Linq)
ARITHABORT często jest winowajcą, sprawdź, czy to rozwiązuje Twój problem:
new SqlCommand("SET ARITHABORT ON", connection).ExecuteNonQuery();