Miałem ten sam problem i stwierdziłem, że jest to spowodowane przez Narzędzia -> Opcje -> Eksplorator obiektów SQL Server -> Skrypty -> Konwertuj typy danych zdefiniowane przez użytkownika na typy podstawowe.
Kiedy to jest „Prawda”, tracę bloki komentarzy. Kiedy "Fałsz" wróciły moje bloki komentarzy.