Miałem podobny problem z wydajnością z mysql i rozwiązałem go, ustawiając useServerPrepStmts i rewriteBatchedStatements właściwości w adresie URL połączenia.
Connection c = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://host:3306/db?useServerPrepStmts=false&rewriteBatchedStatements=true", "username", "password");