ALTER TABLE instrukcja dodająca PRIMARY KEY kolumna działa poprawnie w moich testach:
ALTER TABLE tbl ADD id INT PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT;
W tabeli tymczasowej utworzonej do celów testowych powyższa instrukcja utworzyła AUTO_INCREMENT id kolumna i wstawione wartości automatycznego przyrostu dla każdego istniejącego wiersza w tabeli, zaczynając od 1.