Na wszelki wypadek, gdyby kogoś to nadal obchodziło:
Miałem ten sam problem po skopiowaniu katalogu bazy danych bezpośrednio za pomocą polecenia
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Jeśli zrobisz to z bazą danych, która używa InnoDB tabele, otrzymasz ten szalony błąd „tabela nie istnieje” wspomniany powyżej.
Problem polega na tym, że potrzebujesz ib* pliki w katalogu głównym MySQL datadir (np. ibdata1 , ib_logfile0 i ib_logfile1 ).
Kiedy je skopiowałem, zadziałało to dla mnie.
