Tabela jest określana dwukrotnie, zarówno jako cel dla 'UPDATE', jak i jako oddzielne źródło danych w mysql

Jest to typowa rzecz MySQL i zwykle można ją obejść, wybierając z tabeli pochodnej, tj. Zamiast

FROM manager AS m2

użyj

FROM (select * from manager) AS m2

Pełne oświadczenie:

UPDATE manager
SET status = 'Y'
WHERE branch_id IN
(
  select branch_id
  FROM (select * from manager) AS m2
  WHERE (branch_id, year) IN
  (
    SELECT branch_id, year
    FROM branch_master
    WHERE type = 'finance'
  )
);