mysql znajdź najmniejszy + unikalny identyfikator dostępny

Minimalny dostępny identyfikator możesz uzyskać za pomocą tego zapytania:

SELECT MIN(t1.ID + 1) AS nextID
FROM tablename t1
   LEFT JOIN tablename t2
       ON t1.ID + 1 = t2.ID
WHERE t2.ID IS NULL

Robi to, że łączy ze sobą tabelę i sprawdza, czy min+1 ID jest null albo nie. Jeśli ma wartość null, to ten identyfikator jest dostępny. Załóżmy, że masz tabelę, w której ID są:
1
2
5
6

Następnie to zapytanie da wynik jako 3 czego chcesz.