PHP MySQL:zapisywanie plików PDF w bazie danych

Odpowiedź znajduje się w Twoim kodzie:

// Close and output PDF document
// **This method has several options**, check the source code documentation for more information.
$pdf->Output('example_001.pdf', 'I');

Z dokumentacji :

Więc zmień swój kod w ten sposób:

$pdffilecontent = $pdf->Output('', 'S');

i zapisz ten ciąg w bazie danych