LIKE
nie używa indeksu pełnotekstowego. Aby skorzystać z indeksu pełnotekstowego, musisz użyć dopasowania (jak powiedziałeś):
SELECT *
FROM myTable
WHERE MATCH(field) AGAINST ('aaa*' IN BOOLEAN MODE)
ORDER BY field2
Podręcznik MySQL ma obszerny rozdział na temat funkcji wyszukiwania pełnotekstowego .