Ogólną wydajność zapytania można sprawdzić za pomocą polecenia EXPLAIN w MySQL. Zobacz https://dev.mysql.com/doc/ refman/5.7/en/using-explain.html
Pokazuje, w jaki sposób silnik MySQL planuje wykonać zapytanie i umożliwia wykonanie podstawowych kontroli poprawności, np. jeśli silnik użyje kluczy i indeksów do wykonania zapytania, zobacz, jak MySQL wykona złączenia (tzn. czy nie brakuje kluczy obcych ) i wiele innych.
Ogólne wskazówki dotyczące używania EXPLAIN do optymalizacji zapytań można znaleźć tutaj (wraz z kilkoma fajnymi przykładami):http://www.sitepoint.com/using-explain-to-write-better-mysql-queries/