Nie można uruchomić zapytania źródłowego MySQL przy użyciu modułu mysqldb w Pythonie

Jak powiedzieli inni, nie możesz użyć polecenia source w MySQLdb Python API

Więc zamiast go uruchamiać, załaduj plik i uruchom go

Powiedzmy, że twój plik .sql ma

create database test;

Przeczytaj treść jak

sql=open("test.sql").read()

A następnie wykonaj go

cursor.execute(sql);

Otrzymasz nowy "test" bazy danych