Tak się dzieje ze złożonym kluczem podstawowym, który zawiera auto_increment. Odtwórz klucz podstawowy, tak aby był wyłącznie polem auto_increment (empId), a następnie utwórz unikalny indeks dla companyId i empId
EDYTUJ
Zauważ, że dotyczy to tylko tabel MyISAM i BDB. Jeśli używałeś InnoDB do swoich tabel, to również działałoby tak, jak chcesz
