Jeśli twój host nie daje ci uprawnień do tworzenia lub uruchamiania procedur, myślę, że znalazłem inny sposób, aby to zrobić, używając PREPARE/EXECUTE i odpytując schemat:
SET @s = (SELECT IF(
(SELECT COUNT(*)
FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
WHERE table_name = 'table_name'
AND table_schema = DATABASE()
AND column_name = 'col_name'
) > 0,
"SELECT 1",
"ALTER TABLE table_name ADD col_name VARCHAR(100)"
));
PREPARE stmt FROM @s;
EXECUTE stmt;
DEALLOCATE PREPARE stmt;