Jeśli chcesz zastosować klauzulę WHERE do wyniku UNION, musisz osadzić UNION w klauzuli FROM:
SELECT *
FROM (SELECT * FROM TableA
UNION
SELECT * FROM TableB
) AS U
WHERE U.Col1 = ...
Zakładam, że TableA i TableB są zgodne z Unią. Oczywiście możesz również zastosować klauzulę WHERE do każdej instrukcji SELECT w UNION.