Musisz zainstalować python-dev:
sudo apt-get install python-dev
A ponieważ używasz Pythona3:
sudo apt-get install python3-dev
To polecenie powinno ci pomóc.
Jeśli używasz Maca, możesz spróbować:
brew update && brew rm python3 && brew install python3
Musisz zaparzyć został już zainstalowany, w przeciwnym razie możesz go zainstalować. Jest to bardzo przydatne do pobierania pakietów w systemie Mac OS. http://brew.sh/
