Indeksy przyspieszają zapytania SELECT, ponieważ indeksy są sortowane według definicji. Dodatkowo indeks UNIQUE wymusza ograniczenie, że wartość tej kolumny (lub kombinacji wartości kolumn powiązanych) istnieje tylko raz (to samo dotyczy PRIMARY, ale PRIMARY może istnieć tylko raz na tabelę w przeciwieństwie do klucza UNIQUE).
Indeksy są kompromisem:ogromnie przyspieszają zapytania SELECT (gdy używane kolumny mają indeks), ale sprawiają, że tabela MySQL zajmuje więcej miejsca i kosztuje więcej czasu podczas zmiany tabeli za pomocą INSERT/UPDATE/DELETE.