SELECT id HAVING maksymalna liczba identyfikatorów

SELECT color_id AS id, COUNT(color_id) AS count 
FROM products 
WHERE item_id = 1234 AND color_id IS NOT NULL 
GROUP BY color_id 
ORDER BY count DESC
LIMIT 1;

To da ci color_id i liczbę dla tego color_id uporządkowaną według liczby od największej do najmniejszej. Myślę, że tego właśnie chcesz.

do edycji...

SELECT color_id, COUNT(*) FROM products WHERE color_id = 3;