Oto dobra analiza tych dwóch podejść:Dołączenie lewostronne SQL a wiele tabel w wierszu FROM?
To wyjaśnienie jest ogólne, nie jestem zbyt pewien, co MySQL robi w tej sprawie; ale tak czy inaczej chodzi o to, że JOIN jest zawsze bardziej jednoznaczne i jasne i można je przenieść z jednego silnika do drugiego bez większych zmian w logice zapytania.