UPDATE table SET Password = MD5(Password)
Powiem jednak, że MD5 nie jest zbyt dobrym poziomem szyfrowania i powinieneś rozważyć coś silniejszego, takiego jak ENCRYPT z niestandardową solą. Przeczytaj o tym tutaj
EDYCJA:Wygląda na to, że oryginalne pytanie uległo zmianie. Oto zmienione zapytanie, które można uwzględnić
UPDATE table SET Password = MD5(Password) WHERE ID!=[specified index]
EDYCJA:Warto zauważyć