Tak masz rację. Umieściłeś WHERE zła klauzula. Możesz użyć tylko jednego WHERE klauzula w pojedynczym zapytaniu, więc spróbuj AND dla wielu warunków, takich jak ten:
SELECT table1.f_id FROM table1
INNER JOIN table2
ON table2.f_id = table1.f_id
WHERE table2.f_type = 'InProcess'
AND f_com_id = '430'
AND f_status = 'Submitted'