Myślę, że napotykasz ograniczenia konsoli MySQL. Mając listę instrukcji, konsola MySQL wykonuje każdą z nich niezależnie od wygenerowanych błędów. Nawet jeśli zaimplementowałeś niektóre z sugestii podnoszących błędy, o których wspomniano w poprzednich komentarzach, konsola MySQL nie przestanie działać, gdy wystąpi taki błąd.
Zakładam, że nie masz zasobów, aby zastosować język skryptowy do problemu, który mógłby wykonać Twój SQL za Ciebie i obsłużyć błędy. Myślę, że w tym przypadku potrzebujesz po prostu bardziej niezawodnego narzędzia niż konsola MySQL.
Administrator MySQL robi to, czego potrzebujesz, jeśli dobrze rozumiem Twój problem. Jeśli skonfigurujesz połączenie MySQL i połączysz się z bazą danych, w menu Narzędzia dostępne są dwa narzędzia. Jest tam normalna konsola MySQL, ale masz też przeglądarkę MySQL Query Browser.
Jeśli otworzysz przeglądarkę zapytań, otrzymasz przyzwoity widok GUI swoich baz danych MySQL. Plik -> Otwórz skrypt, aby otworzyć skrypt SQL, a następnie użyj przycisku Wykonaj.
Otrzymasz ładny pasek postępu, a co ważniejsze z jego dźwięków, jeśli zapytanie się nie powiedzie, wykonanie skryptu zatrzyma się i podświetli nieudane zapytanie. Możesz go pominąć i kontynuować, a nawet ręcznie zmodyfikować dane i rozpocząć od innego miejsca w skrypcie.
Porzuciłem konsolę MySQL niemal natychmiast po tym, jak dowiedziałem się i wypróbowałem Administratora.
