Możesz spróbować zrobić dokładnie to samo z tabelą Information_Schema.Columns
EDYCJA:Coś takiego
SELECT CONCAT('ALTER TABLE ', TABLE_NAME, ' CHANGE `', COLUMN_NAME, '` `',
LOWER(COLUMN_NAME), '` ', COLUMN_TYPE, ';')
FROM INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS WHERE TABLE_SCHEMA = '{your schema name}'