Miałem ten sam problem. Odkryłem, że pierwsza instancja, którą otwierasz, po prostu nadal się obraca, gdy próbujesz uruchomić proste instrukcje select bez powodu, który wydaje się być bez powodu. Nie można nawet zamknąć otwartej karty bez zamknięcia całego środowiska MySQL Workbench. Jeśli jednak ponownie otworzysz tę samą instancję, wydaje się, że działa dobrze.