CREATE TABLE IF NOT EXISTS kończy się niepowodzeniem, ponieważ tabela już istnieje

Wypróbuj to

$query = "SELECT ID FROM USERS";
$result = mysqli_query($dbConnection, $query);

if(empty($result)) {
                $query = "CREATE TABLE USERS (
                          ID int(11) AUTO_INCREMENT,
                          EMAIL varchar(255) NOT NULL,
                          PASSWORD varchar(255) NOT NULL,
                          PERMISSION_LEVEL int,
                          APPLICATION_COMPLETED int,
                          APPLICATION_IN_PROGRESS int,
                          PRIMARY KEY  (ID)
                          )";
                $result = mysqli_query($dbConnection, $query);
}

To sprawdza, czy coś jest w tabeli i czy zwraca NULL nie masz stolika.

Również nie ma BOOLEAN datatype w mysql, powinieneś INT i po prostu ustaw go na 1 lub 0 podczas wstawiania do tabeli. Nie potrzebujesz też pojedynczych cudzysłowów wokół wszystkiego, tylko wtedy, gdy na stałe zakodujesz dane w zapytaniu.

W ten sposób...

$query = "INSERT INTO USERS (EMAIL, PASSWORD, PERMISSION_LEVEL, APPLICATION_COMPLETED, APPLICATION_IN_PROGRESS) VALUES ('example@sqldat.com', 'fjsdfbsjkbgs', 0, 0, 0)";