Wykonywanie wielu zapytań w codeigniter, których nie można wykonać pojedynczo

Może użyj transakcji?

$this->db->trans_start();
$this->db->query('AN SQL QUERY...');
$this->db->query('ANOTHER QUERY...');
$this->db->query('AND YET ANOTHER QUERY...');
$this->db->trans_complete(); 

https://www.codeigniter.com/user_guide/database/transactions.html