Możliwe jest dodanie serwera MySQL do SQL Server jako serwera połączonego.
Po skonfigurowaniu możesz wysyłać zapytania za pomocą OPENQUERY w następujący sposób:
SELECT t1.colA, t2.colB
FROM SQLdbName.dbo.tablename AS t1
INNER JOIN OPENQUERY(MySQLlinkedservername,
'SELECT colA, colB FROM tablename') AS t2
ON t1.colA = t2.colA