1. Ponieważ mysql został zaprojektowany w ten sposób. Interpretuje kod i przekształca go do postaci kanonicznej w celu uruchomienia go w dowolnym ustawieniu trybu sql iw tym procesie wszystkie wcięcia są tracone. Nie spodziewałbym się nawet, że rdbms przechowuje polecenie w ładnie sformatowany sposób. To nie jest jego cel.
2. Przechowuj ładnie wcięty kod widoków, procedur składowanych, tabel itp. w swoim systemie kontroli wersji, tam gdzie one należą.