Nie możesz połączyć ich w jednym poleceniu, ale możesz wykonać oba polecenia jednocześnie i wyprowadzić do tego samego pliku.
mysqldump -u user -p --no-data db > structure.sql; mysqldump -u user -p db table1 table2 >> structure.sql
aby uniknąć konieczności dwukrotnego wpisywania hasła, możesz zrobić -ppassword
(uwaga na brak miejsca!). Użyj także --no-data
w pierwszym poleceniu lub skończysz z danymi. -d nie jest potrzebne, gdy robisz tylko jedną bazę danych.