W takiej sytuacji zwykle LOAD DATA INFILE do stołu tymczasowego o identycznej strukturze. Następnie robię INSERT z ON DUPLICATE KEY UPDATE od stołu tymczasowego do prawdziwego stołu. Pozwala to na sprawdzanie typu danych bez niszczenia Twojej prawdziwej tabeli; jest to stosunkowo szybkie i nie wymaga manipulowania plikiem .csv.