MySQL utrzymuje jeden zestaw buforów dla wszystkich baz danych. Jeśli chodzi o wydajność, nie ma znaczenia, czy tabele znajdują się w różnych bazach danych.
Twój przypadek użycia jest graniczny, ale wydaje się, że jest to rozsądny przypadek agregowania danych z oddzielnych baz danych.
Byłbym jednak ostrożny z tą architekturą. Jeśli Twoje aplikacje zaczną współdzielić więcej niż kilka tabel, zadaj sobie pytanie, czy te aplikacje są naprawdę odrębnymi aplikacjami, czy raczej modułami tej samej aplikacji. W tym drugim przypadku sensowne byłoby umieszczenie wszystkich tabel w jednej pojedynczej bazie danych.
Jeśli martwisz się o bezpieczeństwo, pamiętaj, że większość praw dostępu może zostać przyznana na podstawie tabeli (lub nawet kolumny) .