Nie jest to możliwe w przypadku RDS.
Możesz „udawać”, konwertując tabele, których nie chcesz replikować, na Engine=Blackhole, jednak musisz edytować grupę parametrów i ustawić „tylko do odczytu” na 0, zamiast domyślnego „{TrueIfReplica}”.
Ewentualnie musiałbyś uruchomić własny serwer podrzędny na EC2 z serwerem RDS jako głównym (jest to możliwe, jeśli używasz MySQL 5.6 na RDS, ale nie 5.5 lub niższym), jednak konfiguracja jest bardzo skomplikowana.