jeśli chcesz je bezpiecznie usunąć, sugeruję użycie pt-duplicate-key-checker w zestawie narzędzi Percona. Automatycznie wygeneruje dla Ciebie indeks odrzucenia SQL.
Zbyt wiele indeksów zmniejsza wydajność, szczególnie w przypadku aktualizacji i wstawiania. Lepiej upuść te bezużyteczne indeksy.