W większości sytuacji sugerowałbym wybranie jednego db na projekt, jeśli projekt nie jest duży. W naprawdę dużych projektach (lub ogólnie w przedsiębiorstwach) myślę organizacje długoterminowe będą używać kombinacji
- RDBMS dla wysoce transakcyjnego OLTP
- NoSQL
- projekt hurtowni danych/BI
Ale dla rzeczy o bardziej rozsądnym zakresie, po prostu wybierz ten, który odpowiada za sedno przypadku użycia i używaj go do wszystkiego.
Przechowywanie danych użytkownika przez IMO w mongodb jest w porządku - możesz wykonywać operacje atomowe na pojedynczych dokumentach BSON, więc operacje takie jak "przydziel mi tę nazwę użytkownika atomowo" są wykonalne. Z dziennikami ponawiania (--journal ) (v1.8+), replikacja, slavelayed replikacji, możliwe jest uzyskanie dość wysokiego stopnia bezpieczeństwa danych — tak wysokiego, jak w przypadku innych produktów db na papierze. Głównym argumentem przeciwko bezpieczeństwu byłoby to, że produkt jest nowy, a stare oprogramowanie jest zawsze bezpieczniejsze.
Jeśli potrzebujesz wykonać bardzo złożone transakcje ACID - takie jak księgowość - użyj RDBMS.
Również jeśli potrzebujesz dużo raportowania, mysql może być w tej chwili lepszy, zwłaszcza jeśli zestaw danych mieści się na jednym serwerze. Instrukcja SQL GROUP BY jest dość potężna.