Potrzebujesz SKLEPU po LEWEJ stronie, ponieważ prawa strona może nie zawierać danych, w tym przypadku PRODUKTU.
Nie tylko to, potrzebujesz warunku WHERE jako warunku LEFT-JOIN ON, aby łączył się z produktami w stanie statusu i po prostu zdyskontował produkt (przy zachowaniu sklepu), nawet jeśli status nie jest pożądany.
select s.name
, p.name
, count(p.id)
from Shop as s
left join Product as p on p.shop=s.id AND p.status <> '8796107276379'
group by
s.id, p.name