czy spojrzałeś na czajnik pentaho (lub integrację danych pentaho)? http://kettle.pentaho.org/
używamy go do kopiowania i synchronizowania różnych systemów baz danych, takich jak mssql<->mysql, o co prosisz.
Czajnik jest jeszcze potężniejszy, umożliwiając przeszukiwanie baz danych ldap, prostych plików tekstowych itp.
jego narzędzie do tworzenia diagramów jest podobne pod względem wyglądu i stylu do dts firmy Microsoft (ale potężniejsze, imho)