Dokładnie ten sam problem napotkałem dzisiaj po dokonaniu zmiany, która nie powinna w żaden sposób wpływać na Doctrine (zmieniłem gałązkę szablon). Po pewnym czasie zdałem sobie sprawę, że skoro jest to dziwny błąd kompilacji w dziwnym momencie, prawdopodobnie restarting php-fpm załatwi sprawę. I tak się stało.
Może ponowne uruchomienie Apache robi to samo, jeśli korzystasz z mod_php .
