Ok rozwiązałem. Ręcznie wstawiłem mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar
w moim folderze SDK:
file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
Błąd zmienia się w wygodniejszy:
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Dziękuję za sugestie