Jak mogę zoptymalizować zapytanie MySQL pod kątem aktualizacji?

Jeśli nie masz jeszcze indeksu na number powinieneś dodać jeden -

CREATE INDEX table_number ON table (number);

AKTUALIZUJ Spróbuj tego -

UPDATE inv t1
INNER JOIN inv t2
    ON t1.name = t2.name
    AND t1.id <> t2.id
SET t1.flag_qty = 1;

Możesz utworzyć swoją tabelę tylko z duplikatami, wybierając te dane bezpośrednio do innej tabeli, zamiast najpierw aktualizować flagę.

INSERT INTO duplicate_invs
SELECT DISTINCT inv1.*
FROM inv AS inv1
INNER JOIN inv AS inv2
    ON inv1.name = inv2.name
    AND inv1.id < inv2.id

Jeśli możesz wyjaśnić logikę, dla której wiersze są usuwane z inv tabeli może się zdarzyć, że cały proces można wykonać w jednym kroku.