Instrukcje DDL powodują niejawne zatwierdzenie i nic nie można z tym zrobić. Nie ma sposobu na powstrzymanie tego zachowania.
Które instrukcje DDL mają to zachowanie zmienia się w czasie, więc musisz sprawdzić swoją wersję.
5.1 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/implicit-commit.html
5.5 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/implicit-commit.html
5.6 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/implicit-commit.html
Kiedy tylko rozszerzamy schemat, nowe tabele/kolumny/widoki/procs/etc, które nie wpłyną na istniejący kod, automatyzacja jest w porządku, wystarczy sprawdzić błędy i je naprawić.
Kiedy wpłyną one na istniejący kod, musisz opracować strategię indywidualnie dla każdego przypadku. Ponieważ nie ma cofania, potrzebujesz własnego planu wycofania i musisz go dokładnie przetestować.
Ponieważ jest to kwestia indywidualna, nie mogę wiele zaoferować pomocy w Twojej konkretnej sytuacji.