Używam COUNT w GROUP_CONCAT

Musisz COUNT() z GROUP BY w wewnętrznym SELECT najpierw klauzulę, a następnie zastosuj GROUP_CONCAT();

SELECT GROUP_CONCAT(cnt) cnt
FROM (
    SELECT COUNT(*) cnt
    FROM table1
    GROUP BY fk_company
) q;

Wyjście:

|   CNT   |
-----------
| 3,2,3,1 |

Oto SQLFiddle demo.