UPDATE table AS t
JOIN table AS tt
ON t.initials = tt.initials
AND t.surname = tt.surname
AND t.company = tt.company
AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;
Oznacza to, że dla każdego wiersza zaktualizuj go, jeśli istnieje inny wiersz o niższym identyfikatorze, z tymi samymi inicjałami, nazwiskiem i firmą.
Oto sqlfiddle za to.