Jak mogę połączyć dwie tabele na wielu kolumnach w CakePHP 3?

Tak to mozliwe. Po prostu użyj tablic do wyrażenia kolumn, które powinny być dopasowane:

$this->belongsTo('Things', [
    'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
    'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);

To będzie pasować do key1 = fk1 i key2 = fk2