Bit 'ALTER TABLE' musi być pierwszy, a następnie każda część musi być oddzielona przecinkiem:
ALTER TABLE gitags_items
DROP PRIMARY KEY,
ADD COLUMN id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT FIRST,
ADD PRIMARY KEY (id,component,tag_id,item_id);
ale nie jestem pewien, czy możesz upuścić i utworzyć klucz podstawowy w tym samym oświadczeniu.