O ile wiem, nie można bezpośrednio przekazać zmiennych do skryptu MySQL. Najlepsze, co możesz zrobić, to ustawić zmienne użytkownika w skrypcie powłoki opakowującej. Coś takiego:
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Oczywiście dostosuj do rzeczywistego użytkowania.