Możesz spróbować ustawić max_allowed_packet
parametr tylko dla jednej sesji
:
sql ='SET SESSION max_allowed_packet=500M'
cursor.execute(sql)
sql = ...
args = ...
cursor.executemany(sql, args)
Jeśli to zadziała, możesz pozostawić kod bez zmian lub zmienić plik my.cnf (wiedząc, że to rozwiązuje problem z wykonywaniem wielu).