Najprawdopodobniej sieć jest wyłączona, co oznacza, że serwer mysql komunikuje się z klientami przez gniazda UNIX, a nie przez TCP/IP. Możesz to sprawdzić, uruchamiając klienta mysql i uruchom polecenie "status". Jeśli widzisz tam numer portu, oznacza to, że Twój serwer mysql komunikuje się przez TCP/IP, w przeciwnym razie zobaczysz coś w stylu „nazwa ścieżki gniazda…”, pobierz nazwę ścieżki i podaj ją parametrom połączenia node.js, np.
...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...
Sprawdź to w https://github.com/felixge/node-mysql strona (wyszukaj "socketPathname")
Mam nadzieję, że to twój problem.