JPA nie zezwala na encję składającą się z kolumn z wielu tabel?

Nie do końca rozumiem twoją konfigurację.

@SecondaryTable służy do przechowywania pojedynczej encji w wielu tabelach, ale w twoim przypadku istnieje relacja wiele do jednego między różnymi encjami (każda jest przechowywana we własnej tabeli) i powinna być odwzorowana w następujący sposób:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}