Okazało się, że muszę wywołać flush na Entity Manager, aby zsynchronizować kontekst trwałości z bazową bazą danych. Usunąłem również wszelkie instrukcje dotyczące zarządzania transakcjami z SP i działały zgodnie z oczekiwaniami; zapytania wewnątrz procedury składowanej są teraz częścią transakcji zarządzanej przez Spring.